「NCIS：オリジンズ」本作は設立されたばかりのNCISのキャンプ･ペンドルトン支局で、新米特別捜査官としてキャリアをスタートさせる若き日のリロイ･ジェスロ･ギブスの姿を描く。NCISの伝説マイクが率いるタフで個性的なチームで、ギブスは自分の居場所を築いていく。

深い夜の帳が海軍基地を包む頃、静かに動き出す影があった。ここは、海と風が語る秘密に満ちた場所――海軍犯罪捜査局、すなわちNCISの原点。その夜、若きエージェント・藤原翔太は、まだ知らぬ自分の運命に導かれるように、ひとり静かに歩み出した。

昔、英雄たちが組織を築き、真実を追い求めた時代。翔太は、先輩たちの足跡をたどり、失われた記録と封印された事件の謎を解き明かすため、NCIS：オリジンズの舞台へと足を踏み入れる。錆びついた倉庫、朽ちた軍艦の残骸、そして時の流れに埋もれた文書――それらは、過去の英雄たちが抱いた「正義」の輝きを今に伝える灯火だった。

翔太は、厳格な師匠・斎藤洋一の下で、鋭い観察眼と揺るがぬ信念を養いながら、数々の事件の真相へと迫っていく。ある晩、古びた手記に記された謎めいた暗号が、彼らを秘密の記録室へと導く。その記録は、NCISが生まれる前、混沌とした軍内部で真実と正義を追求した先人たちの戦いの記憶であった。

調査を進める中で、翔太と仲間たちは、軍事組織の闇に潜む裏切りや、密かに蠢く犯罪組織の存在に気付く。真実を知れば知るほど、彼らの心は試され、絆は強くなる。幾多の困難と危険を乗り越え、翔太は「正義」とは何か、そして自らがこの組織の未来にどんな光を灯すべきかを、深く問いかけることになる。