『劇場版忍たま乱太郎ドクタケ忍者隊最強の軍師』消息を絶った土井先生を巡り、忍術学園とタソガレドキ忍軍の全面対決が勃発！六年生と山田先生の捜索、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師、そして土井先生と瓜二つの謎の男。

土井先生が消えた！？忍術学園に迫る最大の危機

忍術学園の頼れる一年は組の担任、土井先生が姿を消した――。タソガレドキ忍者隊の諸泉尊奈門との決闘後、消息を絶ったという知らせは、忍術学園全体に衝撃を与えました。心配した山田先生と六年生たちは、すぐに土井先生の捜索を開始。しかし、その行く手には、想像を絶する事態が待ち受けていました。

一方、担任が不在となった一年は組の教室には、なぜかタソガレドキ忍軍の頭、雑渡昆奈門と、諸泉尊奈門が教壇に立つという、前代未聞の事態に！敵であるはずのタソガレドキ忍者が、なぜ忍術学園に？そして、彼らの真の目的とは？この不可解な状況は、忍たま、先生、そして観客の心に深い謎を投げかけます。

謎の軍師、そして土井先生と瓜二つの男

物語の核心に迫るにつれて、六年生たちの前に、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師、天鬼が突如として現れます。この天鬼という男、なんと土井先生と瓜二つの顔をしていました。

天鬼は一体何者なのか？
土井先生は無事なのか？
そして、なぜ天鬼と土井先生は同じ顔をしているのか？

これらの謎が、物語の緊迫感を高めます。ドクタケ忍者隊とタソガレドキ忍軍、そして忍術学園という三つ巴の戦いが繰り広げられる中、土井先生の消息は次第に明らかになっていきます。乱太郎、きり丸、しんべヱたち一年は組の面々も、先生の安否を案じながら、自分たちにできることを模索。特にきり丸は、偶然にも土井先生の置かれた状況を知ってしまい、物語の鍵を握る重要な役割を果たします。